メルプリが既に常駐しているから「すでに起動しています」とメッセージが出るわけです。
環境設定でWindows起動時に起動させる設定になっているのでしょう。

いわゆる通知領域(タスクトレイ)にアイコンが非表示状態になっているため起動していないと勘違いしてると思います。
通知領域のメルプリのアイコンをクリックすれば画面が現れるはずです。